Gedmatch Rehberi

Gedmatch Nedir?

Gedmatch, esas olarak farklı firmalardan test yaptıran insanların DNA eşleşmelerini ve akrabalık ilişkilerini test yaptırdıkları firmanın veritabanı ile sınırlı kalmadan saptamak için, ortak bir platform oluşturmak amacıyla kurulmuş ve ücretsiz olarak hizmet veren bir sitedir. Ancak bu özelliğinin yanı sıra başta “ADMIXTURE (heritage)” olmak üzere bir takım diğer araçlara (tools) da sahip olması ve bunlara devamlı olarak yenilerinin eklenmesi gibi özellikleriyle de uzun zamandır en çok rağbet gören platfrom olduğunu söyleyebiliriz. Gedmatch’in en popüler aracı olan Admixture hesaplayıcılarına aşağıda detaylı olarak değineceğiz.

 

Gedmatch’e Nasıl Üye Olunur ve Rawdata Nasıl Yüklenir?

İlk olarak  Gedmatch.com adresine girip “user registration” bölümünden ilgili alanları doldurarak kendinize bir hesap açmanız gerekmektedir.

Daha sonra hesabınızla giriş yaptığınızda karışınıza çıkan sayfada “File Uploads” bölümünü görecekseniz, buradan “Generic Upload FAST” sekmesine tıklıyorsunuz.

Ardından gelen sayfanın en üst kısmında hangi DNA firmasından test yaptırdıysanız ona göre indirip yüklemeniz gereken rawdata formatları ile ilgili yönlendirmeleri içeren bir link listesi görecekseniz. Eğer hangi dosyayı nasıl indireceğinizi bilmiyorsanız bu kısma göz atmanızda fayda var. Burada dikkat etmeniz gereken husus, indirdiğiniz dosyayı açmamanız ve içeriğini herhangi bir şekilde editlememeniz gerektiğidir.

Sayfanın alt kısmında ise rawdata’nızı yüklemeden önce doldurmanız gereken bir form bulunmakta. Burada özellikle dikkat etmeniz gereken kısım,

“You agree that any sample you submit is either your DNA or the DNA of a person for whom you are a legal guardian or have obtained authorization to upload their DNA to GEDmatch: (You will not be able to make comparisons if you do not answer yes)”

yazan bölümdür. “Yes” seçeneğini işaretlemediğiniz takdirde genetik eşleşmelerinizi göremezsiniz. 

Daha sonra yükleyeceğiniz data’nın kime ait olduğunu belirteceğiniz bölüm gelmekte. Burada sonuçların size ait olduğunu varsayarak “Your DNA” sonucunu işaretli olarak gösterdik, eğer değilse diğer seçeneklerden uygun olan birini seçip devam edebilirsiniz.

Son olarak en alt kısımda test yaptırdığınız firmanın sonuçlarınızı yayınladığı sayfadan indirdiğiniz rawdata’yı yükleyeceğiniz bölüm geliyor. “Dosya seç” butonuna tıkladıktan sonra bilgisayarınızdan indirdiğiniz dosyayı seçin ve tamam deyin. Daha sonra sağ tarafta yer alan “upload” butonuna tıklayın. Bir sonraki sayfayı görene kadar sayfayı kapatmayın, gelen yükleme ekranında genellikle birkaç dakika içinde dosyanız yüklenecektir. Yükleme işlemi bittikten sonra size otomatik olarak bir kit numarası verilecek, bu kit numarası ile Gedmatch araçlarını kullanabileceksiniz.

[vc_empty_space]

Gedmatch Araçları

Admixture (heritage)

Gedmatch’in en çok kullanılan ve en popüler aracı ADMIXTURE hesaplaması yapan aracıdır. Doğal olarak en fazla sorunun geldiği ve başlangıçta en kafa karıştırıcı olan araçtır da aynı zamanda. Gedmatch bünyesindeki ADMIXTURE hesaplayıcılarının tanıtımına girmeden önce kısaca ADMIXTURE nedir ona değinmek gerekiyor.

ADMIXTURE, genetik genoloji’de kullanılan, soy/köken tahmini ve hesaplaması yapmaya yarayan yazılımlardan biridir. Selefi olan STRUCTURE yazılımından hesaplamada bazı hız ve kullandığı algoritma gibi avantajları ile ayrılır. Gedmatch’te bulunan ve her biri bağımsız bir şahıs/proje (çoğunlukla akademisyen genetikçiler) tarafından geliştirilmiş olan ADMIXTURE hesaplayıcıları da (calculators) bu yazılım tabanlı olarak çalışmaktadırlar.

Not: Genetik Genoloji alanında kullanılan yazılımlar ve metodlar hakkında detaylı bilgi için bkz:

Softwares and methods for estimating genetic ancestry in human populations

ADMIXTURE hesaplayıcıları, hesaplayıcının referans olarak kullandığı belli başlı coğrafi bileşenler ile (bu referanslar bazılarında modern popülasyonları baz alırken bazılarında ise antik popülasyonları, örn: Neolitik Anadolu Çiftçileri, Kafkas Avcı Toplayıcıları v.s. baz almaktadır) sizin otozomal DNA verinizi karşılaştırarak gen dağılımınızı yüzdelere ayırır. Dünya üzerindeki her etnisite (bazı istisnaları hariç) bu otozomal bileşenlerin birkaçının birleşiminden meydana gelmektedir. Ancak bu bileşenlerin oranları coğrafyadan coğrafyaya ya da etnisiteden etnisiteye farklılık göstermekle birlikte her bileşen her coğrafyada ya da o coğrafya’ya ait etnisitelerde bulunmayabilir. Etnik grupları genetik olarak birbirlerinden ayıran fark ise bu bileşenlerin ve yüzdelerinin oluşturduğu farktır.

Basit bir iki örnekle açıklamak gerekirse: Sahra Altı (Sub Saharan) otozomal bileşeni Doğu Asya’da görülmez. Ya da bugün Anadolu Türklerinde %6-19 arasında görülen Doğu Asya (Siberian, East Asian, Southeast Asian v.s.) bileşenleri komşularımız olan Rumlarda, Ermenilerde, Araplarda, Lazlarda v.d halklarda bulunmamaktadır. Bu konuda daha detaylı bir karşılaştırma için buradaki yazımıza göz atabilirsiniz.

Otozomal bileşenleri okurken sıklıkla karşılaşılan kafa karışıklığı ise bileşenlerin adlarından kaynaklanmaktadır. Bu durum çoğu zaman kişilerin sonuçlarını yanlış yorumlamalarına sebep olmakta. Örneğin “North European” bileşeni Avrupa Avcı Toplayıcıları (EHG/WHG) baz alınarak oluşturulmuş bir bileşendir ve bu bileşen günümüzde en yoğun olarak Kuzey Avrupalılar’da bulunmaktadır. Bu sebeple bazı modern hesaplayıcılarda bileşen “North European” v.b şekillerde adlandırmakta. Avrupa ve Asya’nın büyük kesimine binlerce yıl önce yayılmış ve günümüzde düzinelerce halkta çeşitli oranlarda bulunan bu bileşene sahip olmanız, atalarınız arasında İskandavların bulunduğunu ya da “Caucasus” bileşenine sahip olmanız atalarınız arasında Çerkez, Abhaz, Gürcü v.s. olduğu anlamına gelmemektedir. Aynı durumu diğer bileşenler için de göz önünde bulundurmanız gerekir zira bahsettiğimiz gibi bu tarz bileşenler esasında çok eski olup Avrasya’nın büyük bir bölümüne binlerce yıl önce yayılmışlardı.

Girişimizi ve gerekli açıklamaları yaptıktan sonra Gedmatch hesaplayıcılarını teker teker ele alalım.

[vc_empty_space]

Projeler:

Ana sayfada “Admixture (heritage)” sekmesine tıkladığınızda karşınıza sizden bir proje seçmenizi isteyen sayfa çıkacak.

Burada toplam 7 proje bulunmakta (MDLP Project, Eurogenes, Dodecad, HarappaWorld, Ethiohelix, PuntDNAL, GedrosiaDNA) ve hepsinin altında farklı hesaplayıcılar bulunmaktadır. Her projenin ve sahip olduğu hesaplayıcıların içerdikleri bileşenler/coğrafyalar/kategoriler, dolayısıyla amaçları ve hedef kitlesi birbirlerinden farklılık göstermekte. Bu yüzden bazı hesaplayıcılar etnik kökenlerinize göre anlamlı veya anlamsız sonuçlar verebilmekteler.

[vc_empty_space]
  • MDLP

    Küresel bir hesaplayıcıdır ve kategorileri antik ve modern bileşenleri bir arada bulundurmakta. En sık tercih edilen ve görece daha sağlıklı sonuçlar veren hesaplayıcısı MDLP K23b’dir. Projenin bloguna bu adresten erişebilirsiniz: http://magnusducatus.blogspot.com/

  • Eurogenes

    Ağırlıklı olarak Avrupa kökenliler için tasarlamış hesaplayıcılara sahip bir projedir. Ancak kısmen Asya ve Afrika’yı da kapsamakta. En popüler hesaplayıcısı Eurogenes K13. Projenin bloguna buradan erişebilirsiniz: http://bga101.blogspot.com/

  • Dodecad

    Avrasya popülasyonlarına ağırlık veren bir projedir ve farklı coğrafyalardan karışık kökenlere sahip kişiler için idealdir. Dodecad k12b hesaplayıcısı bu bağlamda en çok tercih edilen hesaplayıcısıdır. Projenin bloguna buradan erişilebilir: http://dodecad.blogspot.com/

  • HarappaWorld

    Güney Asya popülasyonlarına ağırlık veren Avrasya tabanlı bir projedir. Projenin internet sayfasına bu adresten erişebilirsiniz: https://www.harappadna.org/

  • Ethiohelix

    Tamamen Afrika kökenliler veya ağırlıklı olarak Afrikalı olan karışık kökenliler için tasarlanmış bir proje. Projenin bloguna bu adresten erişebilirsiniz: http://ethiohelix.blogspot.com/

  • PuntDNAL

    Antik popülasyonlara ağırlık veren ancak modern popülasyonlar içeren hesaplayıcıları da bulunan bir projedir. Projenin internet adresi bulunmamakta. Sorularınız için puntdnalking@gmail.com  e-posta adresine mail gönderebilirsiniz.

  • Gedrosia DNA

    Avrasya, özellikle Asya ve Hindistan popülasyonlarına odaklanan bir projedir. İnternet adresi bulunmamakta.

[vc_empty_space]

Hesaplayıcılar

Sırasıyla projelerin sahip olduğu hesaplayıcıları incelemeye başlamadan önce birkaç noktaya değinmekte fayda var. Yukarıda her projenin ve hesaplayıcısının farklı bir kitleye hitap ettiğini belirtmiştik. Bazı hesaplayıcılar Avcı Toplayıcı (Hunter Gatherer) veya Çiftçi (Farmer, Neolithic Farmer) gibi antik popülasyonlara odaklanırken bazıları ise daha modern popülasyonlara ve coğrafyalara odaklanmaktadır. Bunlar da kendi içlerinde daha özel gruplara hitab edebilmekte. Örneğin Eurogenes’in Jtest adlı hesaplayıcısı Aşkenaz Yahudilerini baz alan bir hesaplayıcıdır.

Hesaplayıcı adları K(sayı) şeklinde veriliyor. “K” ilgili hesaplayıcının kaç tane kategori/bileşene sahip olduğunun göstergesi, yanındaki sayı da bu bileşenlerin sayısını belirtmektedir. Örneğin Dodecad K12b’deki “K12”,  bu hesaplayıcının 12 bileşene sahip olduğunu gösteriyor.

[vc_empty_space]
  • MDLP

    MDLP K11 Modern – 11 küresel bileşen/popülasyona sahip. Antik popülasyonları da içeriyor.

    MDLP K16 Modern – 16 küresel bileşen/popülasyona sahip. Antik popülasyonları da içeriyor.

    MDLP K23b – 23 küresel bileşen/popülasyona sahip. Antik popülasyonları da içeriyor.

    MDLP World22 – 22 küresel bileşen/popülasyona sahip. antik popülasyonları da içermekte. Hesaplayıcı hakkında detaylı bilgiye projenin blogundan erişilebilir.

    MDLP World – 12 küresel bileşene/popülasyona sahip. MDLP’nin ilk hesaplayıcısıdır.

  • Eurogenes

    Çoğu deneysel ve eski hesaplayıcılar olduğu için Eurogenes’in burada bütün hesaplayıcılarına yer vermedik. En çok kullanılanlarını şu şekilde sıralayabiliriz:

    Eurogenes K13 – 13 küresel popülasyon/bileşen içermekte. Çoğunlukla Avrupa olmasına rağmen Asya ve Afrika bileşenlerine de sahip.  Detaylara buradan erişebilirsiniz.

    Eurogenes EUtest V2 K15 – 15 kürsel bileşen/popülasyon, yine ağırlıklı olarak Avrupalı. Detaylara ve bileşenlerin coğrafi konumlarını içeren haritalara buradaki adresten erişebilirsiniz.

    Eurogenes ANE K7 – 7 popülasyon. ANE (Ancient North Eurasian) bileşeni de içeren bu hesaplayıcı bu açıdan avantajlı görünse de eski bir hesaplayıcı olduğunu ve ANE oranını hesaplama da çok da sağlıklı bilgiler vermediğini de akılda tutmakta fayda var. Detaylara buradan erişebilirsiniz.

    Eurogenes K12 – 12 küresel bileşen/popülasyon içermekte. Kuzey Avrupa (North European) bileşenini birkaç farklı gruba ayırması açısından faydalı olsa da genel anlamda çok sağlıklı sonuçlar verdiği söylenemez.

    Eurogenes K36 – Aslında eski bir hesaplayıcı olmasına rağmen Eurogenes tarafından son zamanlarda tekrar popülerleştirilmiş bir hesaplayıcı. Hesaplayıcı ağırlıklı olarak Avrupalılara hitab ediyor ve 36 popülasyona sahip. Bu yüzden sonuçların fazla spekülatif olduğunu söyleyebiliriz.

  • Dodecad

    Dodecad V3 – 12 bileşen/popülasyon. Ağırlıklı olarak Asya ve Afrika bileşenleri içeriyor, 2 tane de Avrupa bileşenine sahip. Amerikan yerlisi bileşenlerine sahip değil. Detaylı bilgi burada.

    Africa 9 – 9 bileşen/popülasyon içeriyor. 1 tane Avrupa bileşeni hariç hepsi Afrika bileşenlerinden meydana geliyor.

    World 9 – 9 küresel popülasyon/bileşen içeriyor. Herhangi bir kıtaya özgün değil. Detaylı bilgi burada.

    Dodecad K7b – Çoğunlukla Asya bileşenlerine sahip bir hesaplayıcı. 2 Avrupa ve 1 tane Afrika bileşenine sahip. Detaylı bilgi burada.

    Dodecad K12b – 12 popülasyon/bileşen içeriyor. Çoğunluğu Asya olmak üzere 3 Afrika, 2 Orta Doğu, 2 de Avrupa bileşenine sahip. Detaylı bilgiye buradan erişebilirsiniz.

  • HarappaWorld

    HarappaWorld’enin sadece 1 tane hesaplayıcısı bulunmakta. Ağırlıklı olarak Güney Asya tabanlı bileşenlere sahip ve bu bölgenin halklarına odaklanmakta (Pakistanlılar, Hindistanlılar, Bangladeşliler, Sri Lankalılar) buna rağmen bazı Doğu Asya, Afrika, Avrupa ve Yerli Amerikan/Kızılderili (Native American) bileşenleri de içeriyor.

  • Ethiohelix

    EthioHelix K10 + French – 10 popülasyon. 9’u Afrikalı 1’i “Fransız” olarak adlandırılmış.

    EthioHelix K10 + Japanese – 10 popülasyon. 9’u Afrikalı 1’i “Japon”.

    EthioHelix K10 + Palestinian – 10 Popülasyon. 9’u Afrikalı, 1’i “Filistinli”.

    EthioHelix K10 Africa Only – 10 popülasyon/bileşen. Hepsi Afrikalı. Tamamı ile Afrika kökenliler için yapılmış bir hesaplayıcı.

  • PuntDNAL

    puntDNAL K10 Ancient – 10 antik popülasyon/bileşene sahip.

    puntDNAL K12 Ancient – 12 popülasyon/bileşen’e sahip. Ağırlıklı olarak antik bileşenleri kullanmasının yanı sıra modern bileşenleri de içeriyor. Oracle sisteminde yalnızca antik popülasyonlar bulunmakta. bu yüzden “Ancient” olarak adlandırılmış.

    puntDNAL K12 Modern – “Ancient” versiyonu ile aynı bileşenlere sahip. Ancak Oracle’si modern popülasyonları içermekte.

    puntDNAL K13 Global – 13 modern bileşene/popülasyona sahip. Ağırlık olarak Asya bileşenleri içeren bir hesaplayıcı, ayrıca Avrupa, Afrika ve Yerli Amerikan bileşenlerine de sahip. Avrasya kökenliler için ideal hesaplayıcılardan biri olduğu söylenebilir. Hesaplayıcı ve bileşenleri hakkında detaylara buradan erişebilirsiniz.

    puntDNAL K15 –  15 bileşene sahip. Ağırlıklı olarak Afrika’ya (özellikle Doğu Afrika) odaklanmakta ancak bazı Batı Asya ve Avrupa bileşenlerini de içermekte.

    puntDNAL K8 African only – 8 bileşene/popülasyona sahip. Adından da anlaşılacağı üzere sadece Afrikalılar için tasarlanmış.

  • Gedrosia DNA

    Gedrosia K3 – 3 bileşen/popülasyon. Doğu Avrasya, Batı Avrasya ve Afrika.

    Gedrosia K12 – 12 bileşen/popülasyon. Ağırlıklı olarak Güney ve Batı Asya kökenliler için tasarlanmış bir hesaplayıcı.

    Ancient Eurasia K6 – 6 antik bileşen/popülasyon. Çoğunlukla Avrupa, Asya ve arasını kapsıyor. Ayrıca 1 Afrika bileşenine sahip.

[vc_empty_space]

Gedmatch’ta bulunan ADMIXTURE Hesaplayıcılarına Ait Bileşenler

Aşağıda Gedmatch hesaplayıcılarının içerdiği bileşenlerin/komponentlerin/popülasyonların genel bir listesini bölgelere ayırarak kısaca açılımları ve nerelerde yaygın oldukları gibi bilgilerle vermeye çalıştık. Adı verilen bileşenlerin birçoğunun aslında aynı veya birbirine yakın bileşenler olup farklı hesaplayıcılarda farklı şekillerde adlandırıldıklarını dikkate almak gerekmekte.

[vc_empty_space]
  • Antik Bileşenler

    Ancient North Eurasian – Mal’ta Boy referans alınarak oluşturulmuş bir bileşen.

    Ancestral Altaic – ANE benzeri “antik” bir bileşen. Tubalar, Mansiler, Ketler ve Selkuplarda yüksek oranda bulunmakta.

    Archaic African – Pre-historik Afrikalılar için kullanılan genel bir tabir/bileşen.

    Archaic Human – M.Ö. 50.000 yılı civarı, pre-historik insanlar için genel bir tabir/bileşen.

    ASE – Ancient/Ancestral South Eurasian.

    ASI – Ancient/Ancestral South Indian

    CHG – Caucasus Hunter Gatherers. Mezolitik dönem Kafkas Avcı Toplayıcıları.

    EHG – Eastern Hunter-Gatherer. Mezolitik dönem Doğu Avrupa Avcı Toplayıcıları.

    ENF – Early Neolithic Farmer. “NAF” benzeri Erken Neolitik çiftçileri.

    NAF – Neolithic Anatolian Farmer. Neolitik dönem Anadolu Çiftçileri. Neolitik dönemde Avrupa’ya doğru yaşanan çiftçi göçü dolayısıyla isminin aksine bugün en yüksek oranlarda Güney Avrupa’da görülmektedir. NAF bileşeninin zirve yaptığı halk Sardinyalılardır.

    WHG – Western Hunter-Gatherer. Batı Avrupa Avcı Toplayıcıları. Günümüzde en yüksek oranda Kuzey Avrupa’da görülmektedir.

    WHG-UHG – Western Hunter-Gatherer/Unknown Hunter-Gatherer

  • Kuzey Avrupa

    Baltic – Baltık bölgesi ve civarı. Temel olarak WHG (Western European Hunter Gatherer) bileşeninin bazı “modern” hesaplayıcılarda kullanılan adı.

    Fennoscandian – Kabaca İskandinav Yarımadası, Finlandiya, Karelya ve Kola Yarımadası’nı kaplayan bölgeye verilen ad. Finlandiya’nın orta ve kuzey kesimleri, İsveç ve Norveç’in kuzeyi ile Kola Yarımadası’nda zirve yapan bir bileşen.

    North Atlantic – Kuzeybatı Avrupa’da; en çok Norveç, İzlanda ve Danimarka’da yaygın olan bir bileşen.

    North East European – “Baltic” bileşeninin bir benzeri.

    North European – Kuzey Avrupa’yı genel olarak temsil eden bir bileşen.

    North Sea – North Atlantic bileşenine oldukça yakın bir bileşen.

  • Güney Avrupa/Akdeniz

    Atlantic Med – En yüksek oranda İber Yarımadası’nın güneyinde görülmektedir. NAF’a oldukça yakın bir bileşendir.

    East Med – Levan’t, Mezopotamya, Sicilya, Doğu Akdeniz adalarında ve Mısır’ın Kuzeydoğu kesimlerinde yüksek oranlarda bulunan bir bileşen.

    West Med – Atlantic Med’e yakın bir bileşen.

  • Doğu Asya ve Sibirya

    Arctic – Grönland’ın Eskimoları ile Sibirya’nın Çukçi ve Koryakları arasında paylaşılan bileşen.

    East Asian – En yüksek Japonlarda, Korelilerde ve Çinlilerde bulunan bileşen.

    Paleo Siberian– “Arctic” bileşenine oldukça yakın bir bileşen. İtelmenler, Koryaklar, Çukçiler ve Eskimolar arasında yüksek oranda bulunmakta.

    Siberian – Nganasan, Yukagir, Yakut, Selkup ve Ketler arasında en yüksek oranlarda bulunan, Orta Asya ve Batı Asya’da da çok yaygın olan bir bileşen.

    Tungus-Altaic – En yüksek bulunduğu halklar; Daur, Buryat, Dolgan, Evenk ve Hezhenlerdir. “Siberian” bileşenine yakın bir bileşen olduğu söylenebilir.

    South East Asian/SEA – Güneydoğu Asya’da en yüksek Dai, Kamboçyalılar, Lahu ve Malaylarda görülmektedir. Ayrıca Güney Asyalılarda görülen en yaygın Doğu Asya bileşenidir.

  • Batı Asya, Güneybatı Asya ve Güney Asya

    Baloch – Beluçlar. Pakistan’ın Belucistan eyaletinde, İran’da ve Afganistan’da yaşayan azınlık yerli halk. Gedrosia ile oldukça benzer bir bileşen.

    Caucasian/Caucasus – Günümüzde en yüksek Kafkasya’da görülmesi sebebiyle bu şekilde adlandırılmış bir bileşen. “CHG” bileşeni ile benzerlik göstermekte.  Avrupa’ya ve Avrasya Steplerine de bozkır göçebeleri vasıtasıyla taşınmış oldukça yaygın bir bileşendir.

    Gedrosia – Belucistan’ın tarihi adı. Bileşen günümüzde en yüksek oranlarda Brohi, Beluç ve Makraniler arasında görülmekle birlikte Batı ve Orta Asya’da da yüksek oranlarda yaygındır.

    Near East/Southwest Asian – Orta Doğu’nun antik halkları arasında yaygın olan ve daha sonra göçlerle farklı coğrafyalara da taşınmış bir bileşen.Günümüzde en çok Bedeviler ve Suudiler arasında görülmektedir.

  • Avustralya ve Civarı

    Australian – Avustralyalı aborjinler.

    Australoid –  Güneydoğu Asya, Güney Asya, Australya, Malenazya, Polinezya, Mikronezya ve tarihsel olarak Doğu Asya’nın bazı kesimlerinde bulunan halkları tasnif için kullanılan bir terim.

    Austronesian – Madagaskar’dan Pasifik’in batısındaki adalara kadar olan bölgede konuşulan dil ailesinden insanları tanımlamak için kullanılan terim.

    Melanesian – Okyanusya’nın bir alt bölgesi.

    Oceanian – Pasifik Okyanusu adalarının yerlilerini tanımlamak için kullanılan bir terim/bileşen.

    Papuan – Yeni Gine ve civarındaki adaları temsil eden bir bileşen.

  • Afrika

    Bantu – Orta ve Güney Afrika’da konuşlan dil ailesinden insanları tanımlayan terim/bileşen.

    Biaka – Orta Afrika Cumhuriyeti’nin güneybatı bölgesinde ve Kongo Cumhuriyeti’nin Brazzaville bölgesinde yaşayan göçebe Mbenga Pigmeleri.

    Khoisan – Güney Afrika.

    Mbuti – Afrika’nın Kongo bölgesinde yaşayan Pigme halklarından biri.

    Omotic – Etiyopya’nın güneybatısı

    Pygmy – Pigmeler. Ekvatoral Afrika ve Güneydoğu Asya’nın bazı bölgelerinde yaşayan çok kısı boylu yerli topluluklar için kullanılan bir terim.

    San – Güney Afrika’nın Buşmanları.

    SSA – Sub-Saharan African. Yoruba, Mandenka ve Luhyalar arasında en yüksek oranlarda görülen bileşen.

Oracle

Oracle, kısaca Gedmatch hesaplayıcılarının birçoğunda bulunan ve hesaplayıcının sahip olduğu popülasyonlar ile sizin sonuçlarınızı karşılaştırarak birkaç yakınlık ve modelleme listesi sunan bir araçtır. Bir diğer deyişle hesaplayıcı kendi referans listesinde bulunan etnisitelere ne kadar yakın olduğunuzu ölçer ve sonuçlarınızı birkaç farklı etnisite ile modelleyerek hangi iki veya daha fazla etnisitenin karışımına yakın bir genetik profil sergilediğinizi gösterir. Ancak birçok kişin burada düştüğü hata veya yanlış anlama, oracle listelerinde gördüğü etnistelerin kendisinde de olduğunu sanmasıdır. Yani oracle sonuçlarınızda gördüğünüz etnisiteler sizin o etnistelerin karışımı olduğunuz veya o etnistelerden atalarınız bulunduğu anlamına gelmez. Bu tamamen algoritmik bir olaydır ve size genetik profiliniz hakkında bir fikir sunması açısından tasarlanmıştır.

Admixture (heritage) sekmesine tıklayıp, kit numaranız ile bir proje ve hesaplayıcı seçtikten sonra sonra karşınıza ADMIXTURE sonuçlarınızı gösteren bir sayfa çıkacak.

[vc_empty_space]

Sonuçlarınızın yer aldığı bölümün altında “Oracle” ve “Oracle-4” yazan iki tane buton göreceksiniz.

“Oracle” butonuna tıkladığınızda “Single Population Sharing” ve “Mixed Mode Population Sharing” adlı iki liste çıkacak:

[vc_empty_space]

Bunlardan ilki, yani “Single Population Sharing” size ADMIXTURE sonuçlarınıza göre en yakın olan 20 etnisiteyi göstermektedir. Burada dikkat etmeniz gerek husus, sağ tarafta “Distance” başlığı altında yer alan sayılardır. Oracle, “least squares method” denilen matematiksel yöntemi kullanarak bir yakınlık hesaplaması yapar. Bu metoda göre sağ taraftaki sayı ne kadar küçükse o etnisiteye o kadar yakınsınız demektir. Genel olarak 10 ve üzeri mesafeyi (distance) uzak olarak değerlendirebiliriz. Bir diğer dikkat edilmesi gereken nokta ise hesaplayıcının popülasyon listesi için kulladığı örneklerin temsilciliği ve kalitesi sorunudur. Yukarıdaki örnekte Türkler için kullanılan iki farklı ortalamanın uzaklığı bize kullanılan referansların Anadolu Türklerini yeterince iyi temsil etmedikleri fikrini vermekte.

İkinci görselde ise “Mixed Mod Population Sharing” listesi görülmekte. Yukarıda da bahsettiğimiz üzere burada sizi genetik olarak iki farklı popülasyonla modelliyor ve buna mesafelerine göre sırasıyla 20 farklı modelleme örneği sunuyor.

Oracle-4 butonuna tıkladığınızda ise “Oracle”ye alternatif olarak 2, 3 ve 4 popülasyonla sonuçlarınızı modelleyen bir liste sunuyor.

[vc_empty_space]
[vc_empty_space]

DNA Firmalarının Verdiği Rapor Mu Yoksa Gedmatch Mı?

Halihazırda Gedmatch’in sunduğu onlarca hesaplayıcı ve detay ile karşılaştırıldığında test yaptırdığınız firmadan aldığınız köken raporunun ne kadar sığ kaldığı görülmekte. Buna ilaveten firmaların ticari kaygılarla hareket ettiğini ve sonuç algoritmasını da çoğu zaman müşteri profiline uygun olarak tasarladığını belirtmek gerek. Bu algoritmanın ve firmanın kullandığı referansların devamlı değiştiğini ve dolaylı olarak sonuçlarınızın da sürekli bir değişim içinde kalacağını akılda tutmakta fayda var.

Son bir örnekle hangisinin daha sağlıklı sonuçlar verdiğini göstermek istiyoruz. FTDNA’nın myOrigins aracında yaptığı son güncelleştirme ile birlikte birçok kişinin sonuçları da büyük oranda değişti.

Aşağıdaki görselde myOrigins sonuçları %100 “Asia Minor” olan 4 farklı etnisiteden (Türk, Laz, Zaza ve Rum) kişinin Gedmatch sonuçları görülmekte.

[vc_empty_space]

Aralarındaki genetik farkın büyük derecede olduğu bu dört farklı etnisiteden şahsın sonuçlarının FTDNA’da birebir aynı olması, sanıyoruz ki ticari firmaların raporlarının güvenilirliği konusunda aydınlatıcı olmuştur.

Sonuç:

Buraya kadar Gedmatch’e raw data nasıl yükelenir, Gedmatch bünyesindeki hesaplayıcılar ve özellikleri, ADMIXTURE sonuçlarının asıl okunması gerektiği, otozomal komponentlerin listesi, oracle sonuçlarının nasıl yorumlanacağı gibi başlıklarla Gedmatch’e yeni başlayanlar için detaylı bir giriş sunmaya çalıştık. Bunun üzerine atladığımızı düşündüğünüz noktalar veya sorularınız olursa gönderinin altına yorum olarak yazabilirsiniz. Bu şekilde rehberin ileride daha da geliştirilmesi ve detaylandırılması sağlanabilir.